El índice se genera de forma automática con todos los encabezados de tu documento de Paper. Para mostrar el índice, desplaza el cursor del mouse sobre las líneas horizontales que se muestran en el margen izquierdo del documento.
Para que se siga mostrando el índice, haz clic en uno de los encabezados vinculados. Seguirá mostrándose el índice, aunque quites el cursor del mouse.